داستان در سال ۲۵۰۸ رقم میخورد، زمانی که بشریت در سراسر جهان پیشرفت کردهاست. از طرفی انسان ها به دلیل کمبود منابع در زمین رو به انقراض هستند، و با استفاده از سفینههایی به نام سیارهشکن از سیارهها منبع به دست میآورند. قدیمی ترین سیارهشکن یواسجی ایشیمورا است، که در حال انجام یک عملیات استخراج از سیاره اجیس است.
سپس معلوم میشود که سیاره اجیس ۷ زیستگاه" مارکر قرمز" است، یک کپی از مونولیت مارکر اصلی بیگانگان. تلاش برای سلاح سازی از مارکر و نسخههای آن سبب بهوجودآمدن یک ارگانیسم ویروس مانند شد که اجساد را آلوده کرده و به هیولاهایی به نام نکرومورف تبدیل میکند.
در حوادث فضای مرده، مستعمرهی اجیس ۷، مارکر قرمز مخفی شده در آنجا را کشف میکند، و وارد ایشیمورا میکند. ابتدا مستعمرهنشینان و سپس خدمه سفینه دچار توهم و سپس بیماری روانی میشوند و با ورود نکرومورفها اوضاع وخیمتر میشود. با رسیدن سفینه کالیون، تمام سیاره اجیس ۷ و سفینه ایشیمورا به جز تعداد انگشتشماری از خدمه، کشتهشدند یا به نکرومورف تبدیل شدند
آیزاک با سفینه کالیون به همراه هموند و کاندرا وارد اجیس ۷ میشود. در طی سفر، آیزاک مکررا پیام ویدئویی از نیکول دریافت میکند. یک نقص فنی در سیستم فرود اتوماتیک، به فرودگاه سفینه ایشمورا خسارت شدیدی وارد کرد و باعث تخریب محل قرنطینه آن شد. نکرومورف ها همهی خدمهی کلیون را بهجز آیزاک، کندرا و هموند میکشند. آیزاک سفینه را میپیماید، سیستم ها را بازیابی می کند و قطعاتی را برای تعمیر سفینه پیدا می کند تا شاید بتوانند فرار کنند. آنها تقریبا داشتند موفق میشدند ولی از طرفی کلیون به دلیل مشکلات فنی نابود میشود. در هر سه بازمانده، علائم روانپریشی افزایش پیدا میکند، از توهم گرفته تا پارانویا.
در حین کاوش، آیزاک از طریق گزارش های صوتی و تصویری از وقایع سفینه و حمله نکرومورف با خبر میشود. عملیات استخراج غیرقانونی ایشیمورا در سیاره اجیس ۷، که توسط دولت زمین غیرقانونی تعیین شده بود، برای یافتن مارکر قرمز یونیتولوژی بود. مستعمره اجیس ۷ تقریباً به طور کامل توسط روان پریشی که توسط مارکر ایجاد شده بود، از بین رفت. مارکر از میان جسدهای مستعمرهنشینان و بازمانندگان به ایشیمورا بردهشد. نفوذ مارکر، و حمله نکرومورفها منجر به کشتهشدن همه سرنشینان شد. ایزاک دو بازمانده پیدا می کند: کین ، که اعتقاد خود را به یونیتولوژی کنار گذاشته است و چالوس مرسر که دیوانه شده و نکرومورف ها را می پرستد.
علی رغم تلاش های ایزاک، هموند توسط نکرومورف کشته می شود و مرسر به خود اجازه می دهد که به نکرومورف تبدیل شود. سفینه ی دیگری به نام والور، از طریق محفظه فرار متعلق به ایشیمورا که حاوی نکرومورف بود، آلوده میشود، مدارک نشان می دهد که برای از بین بردن تمام آثار حضور ایشیمورا فرستاده شده است.
کندرا، کین را قبل از اینکه به وفاداری خود اعتراف کند میکشد، زیرا کین تهدید کرده بود که تمامی نکرومورفها و مارکر توسط "هیو مایند" کنترل میشوند. مارکر یک کپی از اثر باستانی یک بیگانه بود که برای آزمایشهایی به اجیس ۷ منتقل شد، و حالا زمین میخواهد آن را بازگرداند. آیزاک به کمک نیکول، نقشههای کندرا خراب میکند، سپس مارکر را به اجیس ۷ باز میگرداند، نکرمورفها را خنثی میکند و اجیس ۷ را نابود میکند.
کندرا مارکر را پس میدهد و حقیقت را برای آیزاک بازگو میکند: که رویارویی های او توهماتی بود که توسط مارکر خلق شده تا او را به سمت هیو مایند، بازگرداند. و پیامهای نیکول با خودکشی او پایانیافته بود زیرا نمیخواست که تبدیل به نکرومورف شود. کندرا قبل از اینکه بتواند با مارکر فرار کند توسط هیو مایند بیدار کشته می شود. پس از کشتن هیو مایند، ایزاک وارد شاتل کندرا میشود، زیرا اجیس ۷ نابود می شود. آیزاک پریشان در شاتل نیکول را عزاداری می کند و سپس توسط توهم شدید او مورد حمله قرار می گیرد.